Pandolfo Petrucci, astutamente barcamenandosi fra Piero de' Medici, Firenze e Pisa, riuscì a consolidare la sua potenza in Siena. Nel 1502, la sua autorità era grandemente cresciuta: poteva ormai dirsi che il governo di Siena era accentrato nelle sue mani. Aveva sì dei nemici; ma i più erano suoi seguaci e sostenitori: tanto che, nella balia di cui, ufficialmente, egli era solo un membro, prevaleva sempre la sua opinione. A poco a poco, riuscì a sbarazzarsi dei rivali: Luzio Belanti nel 1496 cercò di smascherare la sua falsità e malvagità ma fu esiliato e bandito come ribelle; a Firenze, fece assassinare il fuoruscito Ludovivo Luti, il quale, pur dall' esilio, si opponeva alle mire ambiziose di lui. In ultimo, fece uccidere lo stesso suocero Niccolò Borghese per accaparrarsi ricchezze e liberarsi di una persona a lui vicina che non lo stimava affatto. Rafforzò il potere distribuendo cariche e privilegi ai seguaci accaparrandisene devozione e riconoscenza. Di lui il Machiavelli scriveva: «È un uomo di assai prudenza in uno stato tenuto da lui con grande riputazione, e sanza avere drento o fuora capi inimici di molta importanza per averli morti o riconciliati».