Il "miracolo" di Salieri
Dopo 8 anni di prestazioni altalenanti e risultati insoddisfacienti, la società decide di cambiare radicalmente: per il 2006-2007 viene chiamato ad allenare la formazione senese Stefano Salieri, allenatore di Castel San Pietro Terme reduce da buone stagioni tra Imola e Veroli; il Monte dei Paschi di Siena diventa sponsor con l'abbinamento Montepaschivita e la squadra ritorna al palasport della Mens Sana dopo un paio di anni di esilio a Colle val d'Elsa. Viene allestita una formazione molto giovane (l'età media è la più bassa del torneo), che non riscuote nessun credito presso gli addetti ai lavori prima della stagione: inoltre, a causa di una riforma nel numero di squadre della B1, il numero delle retrocessioni è doppio rispetto agli anni precedenti (quattro per girone invece che due) e alla formazione senese vengono date poche chanches di restare in categoria.
La rosa è formata dai playmaker Fabio Avanzini e Nicola Mei, dalle guardie Andrea Raschi (di ritorno dopo due anni), Gianluca Tomasiello, Filippo Alessandri (proveniente dalle giovanili), dalle ali Thomas De Min, Federico Pugi e Francesco Amoni (già protagonista nella vittoria dello scudetto Juniores) e dai pivot Emanuele Rossi e Francesco Bacchi.
Nonostante le premesse negative (e l'infortunio subito da Mei dopo poche giornate) la formazione di Salieri disputa un ottimo campionato, facendosi notare per la difesa molto aggressiva che mette in difficoltà anche squadre attrezzate per la promozione. Dopo molti anni negativi, finalmente la squadra disputa un'ottima stagione (per la prima volta dopo sette anni non vi è un cambio di allenatore durante la stagione) e con il settimo posto finale si conquista un insperato accesso ai play-off; i giocatori che più si fanno notare sono Tomasiello, il giovane De Min e soprattutto Rossi che domina sotto canestro . L'avversario al primo turno è la forte Reyer Venezia; la Virtus disputa due ottime partite, ma esce sconfitta da entrambe per pochi punti. Finisce così la migliore stagione della società fino a quel momento nella sua storia di Serie B d'Eccellenza, con qualche recriminazione per l'occasione sprecata ai playoff; l'ottima stagione disputata vale la chiamata di Fabio Avanzini, Andrea Raschi, Federico Pugi ed Emanuele Rossi in Legadue per la stagione successiva.
L'allenatore Stefano Salieri viene naturalmente confermato per il 2007-2008; oltre a lui restano anche il capitano Gianluca Tomasiello e Thomas De Min: a rinforzare la squadra arrivano nomi di primo livello come il bomber sangiovannese Marco Evangelisti e l'ala Daniele Casadei, oltre ai playmaker Luca Furlanetto e Federico Zambrini e ai giovani Giancarlo Ferrero, Marco Ammannato; aggregati alla prima squadra figurano anche gli Under19 Gianni Terrosi e Manuel Diomede.
L'inizio del campionato è leggermente titubante, con due sconfitte in tre partite e un Marco Evangelisti non ancora perfettamente integrato; ma alla quarta giornata la vittoria contro la forte Brindisi sblocca la squadra che inanella una serie di dieci vittorie in undici partite, tra le quali spiccano le vittorie contro Trapani e Osimo, oltre al travolgente successo per 122-68 contro Gragnano (con 47 punti di Evangelisti); grandi protagonisti del girone d'andata, chiuso dalla Virtus con uno storico primo posto, sono, oltre a Evangelisti, Gianluca Tomasiello, vero allenatore in campo della squadra, il sorprendente Ferrero e la riserva Furlanetto che regala due vittorie con due tiri da tre allo scadere della partita. Il trend positivo non si interrompe nel girone di ritorno: da segnalare soprattutto la vittoria contro Ferentino per 83-81, con Casadei che a cinque secondi dalla fine ruba palla all'esperto Stefano Rajola e va a segnare i due punti della vittoria in contropiede; a due giornate dal termine, la Virtus è prima contro tutti i pronostici, ma anche a causa di alcuni infortuni occorsi a Casadei e a Furlanetto (oltre a Zambrini assente per la maggior parte della stagione), arrivano due sconfitte consecutive che fanno scendere la formazione rossoblu al terzo posto, comunque miglior risultato della sua storia.
Al primo turno dei playoff, la formazione senese affronta la "bestia nera" Bawer Matera, l'unica dalla quale ha perso entrambe le partite in stagione regolare: la Virtus chiude agilmente la serie per 2-0, vincendo la prima partita a Matera 78-73 e chiudendo la serie in casa per 92-79; grandi protagonisti nella serie Marco Evangelisti (30,5 punti di media nelle due partite) e Thomas De Min. L'avversaria nelle semifinali è la fortissima Banca Nuova Trapani, sempre vincente tra le mura amiche; al numeroso gruppo degli infortunati si aggiunge anche la rivelazione Ferrero: con le rotazioni ridotte al minimo, la stanchezza si fa sentire e la panchina lunghissima di Trapani si rivela decisiva; la serie si chiude con un secco 3-0 per la formazione sicula, ma la Virtus vende cara la pelle in tutte le partite, chiuse con uno scarto inferiore ai 10 punti (62-74, 76-79, 71-77). Si chiude così quella che di gran lunga è stata la stagione migliore della Virtus Siena.
Nel frattempo la Virtus ha conquistato la Coppa Italia di Serie B d'Eccellenza, successo più prestigioso nella storia della società: nella final four disputata al Palalido di Milano il 19-20 marzo 2008 la formazione senese ha sconfitto in semifinale Treviglio per 72-65 e in finale Trapani per 88-73, con Gianluca Tomasiello MVP della partita.